La protection matérielle et la conservation sont indissociables d'une défense morale des découvertes et de leurs inventeurs, Emile Fradin et Antonin Morlet. Elle est inscrite dans les statuts de l'association Musée de Glozel. Elle s'avère d'autant plus nécessaire que certains auteurs, ignorant toute limite à la liberté de l'interprétation scientifique, pensent également disposer de l'honneur de ses inventeurs pour en faire un objet d'opinion. Or on ne glisse pas impunément de l'hypothèse scientifique à l'accusation criminelle gratuite.

Au cours des dernières années, l'association Musée de Glozel, la SCI Florence ou la famille Fradin à titre personnel ont exercé des droits de réponse chaque fois que le justifiaient des propos rendus publics par voie de presse ou par d'autres médias. Les droits de réponse non suivis d'effets ont entraîné des plaintes pour refus d'insertion. Enfin, lorsque l'honneur des inventeurs de Glozel a été publiquement bafoué, des plaintes en diffamation ont été déposées.

Des réponses à des articles ont été insérées dans des publications nationales comme Notre histoire, locales comme A la Une, confidentielles comme Mediterranea. Sur Internet, une page personnelle et un forum ont été fermés. Deux plaintes contre Europe 1, pour refus d'insertion et pour diffamation, ont été déposées.

Les collections uniques de Glozel font régulièrement l'objet de convoitises dont le Musée doit se garder. Ainsi, en 2006, il a obtenu, en entamant une procédure judiciaire, la dissolution d'une association qui ne s'attribuait pas moins que des droits moraux et matériels sur l'ensemble du patrimoine de Glozel.